Ngày 11 tháng 2 năm 1904, tàu thả thủy lôi Nga Yeneisei bắt đầu rải thủy lôi ở đường vào cảng Arthur. Một trong những quả thủy lôi này bị cuốn vào bánh lái của con tàu, phát nổ và làm tàu chìm, mất 120 trên tổng số 200 người trên tàu. Chiếc Yeneisei cũng chìm với tấm bản đổ định vị vị trí thủy lôi. Tàu Boyarin, được cử đi điều tra tai nạn, cũng vướng phải mìn, và bị bỏ đi, mặc dù vẫn nổi. Nó chìm 2 ngày sau đó sau khi trúng phải quả thủy lôi thứ hai.

Mặc dù Đô đốc Togo lại khởi hành từ Sasebo ngày 14 tháng 2 năm 1904, với tất cả các tàu trừ chiếc Fuji. Sáng ngày 24 tháng 2 năm 1904, ông làm đắm 5 tàu vận tải cũ để ngăn đường vào cảng Arthur, kìm chân Hạm đội Nga ở bên trong. Kế hoạch này bị chặn đứng bởi chiếc Retvizan, vẫn thả neo ở ngoài cảng, và vị Tổng đốc Alexeiev hoan hỉ gửi điện tín cho Sa hoàng Nicolas II về thắng lợi vĩ đại của mình. Khi ánh bình minh hé lộ sự thật, chắc hẳn họ phải gửi đi thêm một bức điện nữa.

Ngày 8 tháng 3 năm 1904, Phó Đô đốc Nga Stepan Makarov đến cảng Arthur để nhận nhiệm vụ chỉ huy thay cho viên Đô đốc thiếu may mắn Stark; do đó làm tăng sĩ khí quân Nga. Ông giương cờ của mình lên chiến hạm Askold mới được sửa. Sáng ngày 10 tháng 3 năm 1904, Hạm đội Nga mở cuộc tấn công, đánh vào hạm đội Nhật đang bao vây, nhưng không có mấy hiệu quả. Đêm ngày 10 tháng 3 năm 1904, quân Nhật cố dùng mưu cử 4 khu trục hạm đến gần cảng. Quân Nga sập bẫy, và cử 5 khu trục hạm đuổi theo; và rồi thì quân Nhật thả thủy lôi chặn đường vào cảng và đến vị trí chặn đường về của các khu trục hạm. 2 khu trục hạm Nga bị chìm, bất chấp nỗ lực giải cứu của Đô đốc Makarov.

Ngày 22 tháng 3 năm 1904, 2 chiếc Fuji và Yashima bị Hạm đội Nga do Đô đốc Makarov chỉ huy tấn công, và chiếc Fuji buộc phải rút lui về Sasebo để sửa chữa. Hạm đội Nga tự tin hơn và được huấn luyện tốt hơn nhờ Đô đốc Makarov.

Đáp lại, ngày 27 tháng 3 năm 1904, Togo lại cố gắng phong tỏa cảng Arthur, lần này dùng thêm 4 chiếc tàu vận tải cũ chất đầy đá và xi măng. Cuộc tấn công lại thất bại vì những con tàu vận tải này chìm từ quá xa đường vào cảng.

Ngày 13 tháng 4, Makarov (nay đã chuyển kỳ hạm của mình lên chiếc Petropavlovsk) rời cảng để trợ giúp cho thê đội khu trục hạm ông đã điều lên phía Bắc do thám ở Đại Liên. Ông được hộ tống bởi các con tàu Askold, Diana, Novik, Poltava, Sevastopol, Pobieda, và Peresvyet. Hạm đội Nhật đang chờ đơi, và Makarov rút lui đến nơi nhận được sự bảo vệ của pháo bờ biển tại cảng Arthur. Tuy nhiên, khu vực này đã bị quân Nhật gài thủ lôi. Lúc 9 giờ 43, chiếc Petropavlovsk trúng phải 3 quả thủy lôi, phát nổ và chìm chỉ sau 2 phút. Thảm họa này giết chết 635 thủy thủ sĩ quan, trong đó có Đô đốc Makarov. Lúc 10:15, chiếc Pobieda cũng bị phá hỏng vì thủy lôi. Ngày hôm sau, Đô đốc Togo ra lệnh tất cả các cờ phải treo rủ, và ngày hôm đó là dành để thương tiếc cho địch thủ đã khuất của ông.

Ngày 3 tháng 5 1904, Đô đốc Togo cố gắng lần thứ 3 và lần cuối để chặn đường vào cảng Arthur, lần này với 8 tàu vận tải cũ. Nỗ lực này cũng thất bại, nhưng Đô đốc Togo tuyên bố thành công, do đó mở đường cho Tập đoàn quân số 2 Nhật Bản đổ bộ xuống Mãn Châu. Mặc dù cảng Arthur cũng như là bị phong tỏa, vì người kế thừa của Makarov thiếu sáng kiến, thương vong của quân Nhật cũng bắt đầu gia tăng, phần lớn là vì thủy lôi của Nga.